دانشگاه تحصیلات تکمیلی علوم پایه زنجان

بلوار استاد یوسف ثبوتی، پلاک 444

صندوق پستی 1159-45195 زنجان 66731-45137 ایران

دورنگار: 33155142 -024

تلفن: 33151 -024


طراحی و برنامه نويسی توسط مركز كامپيوتر دانشگاه تحصيلات تكميلي علوم پايه زنجان

خانه>دانشکده علوم رایانه و فناوری اطلاعات>
دانشکده علوم رایانه و فناوری اطلاعات
 
 

سخنران مدعو

معرفی علم متاژنومیک، موانع موجود بر سر راه این علم، متدهای کامپیوتری و نرم افزارهای ارائه شده جهت سهولت انجام کار، افزایش سرعت و پایین آوردن هزینه ها در این علم

رامین کریمی

دانشکده علوم رایانه و فناوری اطلاعات

تاریخ: ۱۳۹۶-۸-۸

زمان: ۱۷:۰۰

مکان: آمفی تئاتر دانشگاه

خلاصه: علم متاژنومیک شاخه ای جدید از بیوانفورماتیک است. این علم متشکل از یک سری از تکنیک هاست که امکان مطالعه میکروارگانیسمها را بطور مستقیم در محیط زندگی آنها فراهم میسازد. لازم به ذکر است که بیش از 99 درصد میکروارگانیسمها قابل کشت در محیط آزمایشگاهی نیستند و در نتیجه مطالعه و شناسایی آنها در اکثر موارد بسیار سخت یا غیر ممکن است. با استفاده از تکنیک های علم متاژنومیک، DNA تمامی گونه ها و زیر گونه های موجود در نمونه گرفته شده از یک محیط خاص (بطور مثال معده انسان) استخراج و سپس با استفاده از دستگاههای Sequencer توالی خوانی شده و پس از آن با استفاده از تکنیک های بسیار پیچیده اقدام به شناسایی و تخمین جمعیت گونه ها و تاثیرات متقابل گونه ها با یکدیگر در آن محیط خاص مینمایند. امروزه با توجه به ارزان شدن دستگاههای Sequencer و هزینه Sequencing این امکان فراهم شده که از این دستگاهها بصورت روزمره در آزمایشگاههای تشخیص طبی و زیستشناسی استفاده شود اما پیچیدگی و هزینه سنگین آنالیز داده های عظیم ژنتیکی چه به لحاظ نرم افزاری و چه سخت افزاری، مانعی بر سر راه تحقق این امر است. تلاش ما ارائه روشهایی در زمینه تولید, توسعه و ارائه جدیدترین نرم افزارها و متدهای محاسبه، آنالیز داده های عظیم ژنتیکی و شناسایی گونه ها به ویژه عوامل بیماریزا, مستقیما از طریق داده های خام خروجی دستگاههای NGS (Next Generation Sequencing) بوده است تا این امر میسر گردد. در روش ارائه شده نیاز به عملیاتهای پیچیده و گرانی چون: Alignment, Assembling, Binning, and … و انجام متدهای سنتی رایج در آزمایشگاهها از جمله کشت نمونه نمیباشد. با توسعه این روش و تحقیقات مشابه و با توسعه و پیشرفت بسیار سریع دستگاههای NGS در آینده بسیار نزدیک و به ویژه در کشورهای پیشرفته تحولی عظیم در علم پزشکی و تشخیص قطعی عوامل بیماریزا و درمان آنها و تجویز دارو بصورت اختصاصی برای هر فرد و با توجه به جمعیت میکروبی بدن او و همچنین تحول در تولید دارو انجام خواهد شد