This workshop will deal with the basic
theoretical concepts and practical examples of all-atom molecular dynamics (MD)
simulation methods. MD simulations have garnered considerable interest from
both academic and industrial communities due to their ability to model complex
interactions at the molecular level. MD simulations are
widely used in chemistry, physics, engineering, biology, and materials science.
Such methods are helpful in the
drug design and materials genome approach to accelerating the discovery and
development of new materials and technologies. MD simulations are particularly
valued for understanding “structure-properties” relationships. This workshop
covers basic MD topics with practical parts, from the main steps of preparing
inputs to output analysis methods for obtaining various structural, dynamical,
transport, and thermodynamic properties. Some considered biological and
chemical systems are clathrate hydrates, lipid bilayer membranes, drug-loaded
nanovectors, proteins, ionic liquids, etc. Professor
Saman Alavi from the University of Ottawa, Canada, and Dr. Mohammad Hossein
Kowsari, along with some young researchers from the Physical Chemistry group in
the Department of Chemistry of the Institute for Advanced Studies in Basic
Sciences (IASBS), will share their recent findings in this workshop.
با کمال افتخار به اطلاع دانشگاهیان گرامی میرسانیم که "گردهمایی و کارگاه آموزشی شبیه سازی دینامیک مولکولی سامانه های متنوع زیستی و شیمیایی" در تاریخ 24 و 25 اردیبهشت 1404 در دانشکده شیمی دانشگاه تحصیلات تکمیلی علوم پایه زنجان برگزار خواهد شد. این کارگاه برای افراد متخصص یا افراد با سطح متوسط آشنایی با روش های شبیه سازی مناسب است. اگر تعداد افراد کم تجربه و متقاضی شرکت در کارگاه قابل توجه باشد، برنامه کارگاه مقدماتی یک یا دو روزه برخط دیگری برای ایشان قبل از این کارگاه اطلاع رسانی و برگزار خواهد شد.
این کارگاه به مفاهیم نظری پایه و مثال
های عملی روش های شبیه سازی دینامیک مولکولی تمام اتم می پردازد. شبیهسازیهای دینامیک
مولکولی به دلیل توانایی آنها در مدلسازی برهمکنشهای پیچیده در سطح مولکولی،
علاقه قابلتوجهی را از سوی جوامع دانشگاهی و صنعتی به خود جلب کردهاند. شبیه سازی
دینامیک مولکولی به طور گسترده در شیمی، فیزیک، مهندسی، زیست شناسی و علم مواد
استفاده می شود. چنین روش هایی در طراحی دارو و رویکرد ژنوم مواد برای تسریع در
کشف و توسعه مواد و فناوری های جدید مفید هستند. شبیهسازیهای دینامیک مولکولی بهویژه
برای درک روابط «ساختار-ویژگیها» ارزشمند هستند. این کارگاه مباحث پایه دینامیک
مولکولی را با بخشهای عملی، از مراحل اصلی تهیه ورودیها گرفته تا روشهای تحلیل
خروجی برای به دست آوردن خواص مختلف ساختاری، دینامیکی، انتقالی و ترمودینامیکی را
پوشش میدهد. برخی از سامانههای بیولوژیکی و شیمیایی در نظر گرفته شده عبارتند از:
هیدراتهای کلاتریت، غشاهای دولایه لیپیدی، نانووکتورهای دارویی، پروتئینها، مایعات
یونی و غیره. پروفسور سامان علوی از دانشگاه اتاوای کانادا و دکتر محمد حسین کوثری
به همراه چند محقق جوان از گروه شیمی فیزیک دانشکده شیمی دانشگاه تحصیلات تکمیلی
علوم پایه زنجان یافته های اخیر خود را در این کارگاه آموزشی به اشتراک خواهند
گذاشت.
برخی از بخش های کارگاه آموزشی:
* شبیه سازی هیدرات های کلاتریت توسط آقای پروفسور سامان علوی [چکیده]
* شبیه سازی فرآیند بارگذاری دارو بر بستر نانولوله کربنی توسط خانم دکتر لیلا توحیدی فر [چکیده]
* شبیه سازی سامانه حاوی مایع یونی و غشای دولایه فسفولیپیدی توسط آقای دکتر محمد حسین کوثری و سید محمد ترابی [چکیده]
The workshop on molecular dynamics simulations,
Isfahan University of Technology (IUT), Iran 13–16 December 2005
|
The workshop on molecular dynamics simulations,
Isfahan University of Technology (IUT), Iran 13–16 December 2005
|
Administrative Staff of Department:
Mrs. Sanaz Mohammadi