Dr. M.H. Kowsari Research Group

Welcome logo-iasbs-3s             

                                                           امکان شرکت در کارگاه مقدماتی آنلاین قبل از گردهمایی و کارگاه حضوری نیز فراهم شده است

Workshop

People

Research

Publications

Presentations and Posters

Teaching

Contact

Photo-Gallery

Links

IASBS MD Workshop

May 14-15, 2025:

It is a great pleasure to inform you that the “Meeting and Workshop on Molecular Dynamics Simulation of Various Biological and Chemical Systems” will be held on May 14-15, 2025 in the Department of Chemistry of IASBS.

[see poster about this event: Poster-Workshop(IASBS)]

The first stage for participation in the workshop: 

Please fill below form:

تکمیل فرم درخواست اولیه تمایل به شرکت در کارگاه آموزشی شبیه سازی

[form1--IASBS-MD-Workshop.docx]

[form1--IASBS-MD-Workshop.pdf]

It is a great pleasure to inform you that the “Meeting and Workshop on Molecular Dynamics Simulation of Various Biological and Chemical Systems” will be held on May 14-15, 2025 in the Department of Chemistry of IASBS.

Poster-Workshop-IASBS


Meeting and Workshop on Molecular Dynamics Simulation of Various Biological and Chemical Systems May 14-15, 2025. Institute for Advanced Studies in Basic Sciences (IASBS)


اولین گام جهت شرکت: تکمیل فرم درخواست اولیه تمایل به شرکت در کارگاه آموزشی شبیه سازی
[form1--IASBS-MD-Workshop.docx] [form1--IASBS-MD-Workshop.pdf] 

اطلاعیه مهم در مورد کارگاه مقدماتی آنلاین: علاقه مندان به حوزه شبیه سازی دینامیک مولکولی که تمایل دارند در کارگاه مقدماتی آنلاین یک یا دو روزه ای هم که قرار است پیش از گردهمایی و کارگاه آموزشی حضوری برگزار شود، شرکت کنند لازم است در اسرع وقت فرم 1 را تکمیل و به رایانامه اعلام شده در آن ارسال نمایند

اطلاعات تکمیلی درگاه جهت ثبت نام و پرداخت هزینه ها پس از تکمیل فرم مذکور، ارسال آن به رایانامه درخواستی و دریافت پذیرش اولیه میسر خواهد بود

This workshop will deal with the basic theoretical concepts and practical examples of all-atom molecular dynamics (MD) simulation methods. MD simulations have garnered considerable interest from both academic and industrial communities due to their ability to model complex interactions at the molecular level. MD simulations are widely used in chemistry, physics, engineering, biology, and materials science. Such methods are helpful in the drug design and materials genome approach to accelerating the discovery and development of new materials and technologies. MD simulations are particularly valued for understanding “structure-properties” relationships. This workshop covers basic MD topics with practical parts, from the main steps of preparing inputs to output analysis methods for obtaining various structural, dynamical, transport, and thermodynamic properties. Some considered biological and chemical systems are clathrate hydrates, lipid bilayer membranes, drug-loaded nanovectors, proteins, ionic liquids, etc. Professor Saman Alavi from the University of Ottawa, Canada, and Dr. Mohammad Hossein Kowsari, along with some young researchers from the Physical Chemistry group in the Department of Chemistry of the Institute for Advanced Studies in Basic Sciences (IASBS), will share their recent findings in this workshop.


با کمال افتخار به اطلاع دانشگاهیان گرامی می‌رسانیم که "گردهمایی و کارگاه آموزشی شبیه سازی دینامیک مولکولی سامانه های متنوع زیستی و شیمیایی" در تاریخ 24 و 25 اردیبهشت 1404 در دانشکده شیمی دانشگاه تحصیلات تکمیلی علوم پایه زنجان برگزار خواهد شد. این کارگاه برای افراد متخصص یا افراد با سطح متوسط آشنایی با روش های شبیه سازی مناسب است. اگر تعداد افراد کم تجربه و متقاضی شرکت در کارگاه قابل توجه باشد، برنامه کارگاه مقدماتی یک یا دو روزه برخط دیگری برای ایشان قبل از این کارگاه اطلاع رسانی و برگزار خواهد شد.

این کارگاه به مفاهیم نظری پایه و مثال های عملی روش های شبیه سازی دینامیک مولکولی تمام اتم می پردازد. شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی به دلیل توانایی آن‌ها در مدل‌سازی برهم‌کنش‌های پیچیده در سطح مولکولی، علاقه قابل‌توجهی را از سوی جوامع دانشگاهی و صنعتی به خود جلب کرده‌اند. شبیه سازی دینامیک مولکولی به طور گسترده در شیمی، فیزیک، مهندسی، زیست شناسی و علم مواد استفاده می شود. چنین روش هایی در طراحی دارو و رویکرد ژنوم مواد برای تسریع در کشف و توسعه مواد و فناوری های جدید مفید هستند. شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی به‌ویژه برای درک روابط «ساختار-ویژگی‌ها» ارزشمند هستند. این کارگاه مباحث پایه دینامیک مولکولی را با بخش‌های عملی، از مراحل اصلی تهیه ورودی‌ها گرفته تا روش‌های تحلیل خروجی برای به دست آوردن خواص مختلف ساختاری، دینامیکی، انتقالی و ترمودینامیکی را پوشش می‌دهد. برخی از سامانه‌های بیولوژیکی و شیمیایی در نظر گرفته شده عبارتند از: هیدرات‌های کلاتریت، غشاهای دولایه لیپیدی، نانووکتورهای دارویی، پروتئین‌ها، مایعات یونی و غیره. پروفسور سامان علوی از دانشگاه اتاوای کانادا و دکتر محمد حسین کوثری به همراه چند محقق جوان از گروه شیمی فیزیک دانشکده شیمی دانشگاه تحصیلات تکمیلی علوم پایه زنجان یافته های اخیر خود را در این کارگاه آموزشی به اشتراک خواهند گذاشت.


برخی از بخش های کارگاه آموزشی:

* شبیه سازی هیدرات های کلاتریت توسط آقای پروفسور سامان علوی [چکیده

* شبیه سازی فرآیند بارگذاری دارو بر بستر نانولوله کربنی توسط خانم دکتر لیلا توحیدی فر [چکیده]

* شبیه سازی سامانه حاوی مایع یونی و غشای دولایه فسفولیپیدی توسط آقای دکتر محمد حسین کوثری و سید محمد ترابی [چکیده]

*آشنایی با برنامه های گرافیک مولکولی و تحلیل فایل مسیر تحول سامانه با زمان توسط آقای سید محمد ترابی و خانم  فتاحی

اعضای کمیته علمی
دکتر سامان علوی، دکتر محمد حسین کوثری(دبیر علمی)، دکتر فریبا نظری، دکتر محسن لشگری، دکتر فخری السادات محمدی، دکتر حمید عبداللهی، دکتر لیلا توحیدی فر، دکتر فرزاد خرمی، دکتر فروغ رضایی، دکتر شبنم ندرلو، سید محمد ترابی، فاطمه فتاحی

اعضای کمیته اجرایی
دکتر محمد حسین کوثری (دبیر اجرایی)، دکتر حبیب اله کاظمی، فاطمه فتاحی، ساناز محمدی (دفتر دانشکده شیمی)، سید محمد ترابی، فرشته محمودی پور، علی سبرعلی پور، فاطمه السادات بلادی، فاطمه مهدیخانلو، فرناز گروسی

اطلاع از جزییات هزینه های ثبت نام در گردهمایی و کارگاه: فایل پی دی اف راهنمای هزینه های ثبت نام

فایل الگوی تهیه چکیده مقاله تک صفحه ای:   فایل ورد الگوی چکیده   &    فایل پی دی اف الگوی چکیده 
Pictures from the MD workshop at the IUT on December 2005 and now after ~ 20 years at IASBS! Welcome!

The workshop on molecular dynamics simulations,
Isfahan University of Technology (IUT), Iran 13–16 December 2005
IUT workshop--2005

The workshop on molecular dynamics simulations,
Isfahan University of Technology (IUT), Iran 13–16 December 2005
IUT workshop 2005






Contact Information

Email: iasbstcc2025@gmail.com

Administrative Staff of Department:

Mrs. Sanaz Mohammadi
Tel/Fax: +98-24-33153232
P. O. Box 45195–1159, Gava Zang, Prof. Yousef Sobouti Blvd.,
Zanjan 45137
66731, Iran.

Departmental web page, Chemistry
Center for Research in Climate Change and Global Warming (CRCC)