در دنیای امروز، مرز بین شاخه‌های مختلف علوم کم‌رنگ شده و پژوهش‌های بین‌رشته‌ای متداول گشته‌است به‌گونه‌ای که نو‌آوری در عرصه فن‌آوری‌های نوین غالبا در این حوزه‌ها صورت می‌پذیرد. برای شتاب‌بخشیدن به این‌ پژوهش‌ها نیاز به وجود جایگاه و مرکزی که بر پژوهش در زمینه‌های بین‌رشته‌ای تمرکز کرده و به پیش‌برد آنها کمک نماید احساس می‌شود. بدین‌منظور، پژوهشکده علوم‌پایه و فن‌آوری‌های نوین در سال ۱۳۸۲ در دانشگاه تحصیلات تکمیلی علوم‌پایه زنجان تشکیل گردید.
این پژوهشكده شامل چهار گروه پژوهشی به شرح زیر است:
گروه پژوهشی بیو‌فیزیک و بیو‌شیمی،
گروه پژوهشی نانو‌مواد،
گروه پژوهشی مدل‌سازی ریاضی
گروه پژوهشی شیمی‌ سبز.
در این گروه‌ها تمرکز بر انجام پژوهش‌های بین‌رشته‌ای با رویکرد فن‌آورانه می‌باشد. بدین منظور پژوهشکده سعی در ایجاد و گسترش ارتباط با صنعت داشته و بر توسعه رابطه بین دانشگاه و صنعت تأکید می‌کند. پژوهشکده علوم‌پایه و فن‌آوری‌های نوین در حقیقت سعی در پر نمودن فاصله بین دانشگاه و صنعت دارد و رسالت خود را در فرآهم آوردن بستری مناسب برای شتاب‌ بخشی و گسترش ارتباط بین بخش‌های مختلف دانشگاه و صنعت می‌داند. همچنین فرآهم آوردن آزمایشگاه‌ها و امکانات لازم جهت انجام پژوهش‌های بین‌رشته‌ای فن‌آورانه از اهداف این پژوهشکده می‌باشد. بدین‌منظور در گام اول، آزمایشگاه پردازش سریع پژوهشکده ایجاد شده که آماده سرویس دهی به پژوهشگران می‌باشد.