در راستای مدیریت سبز دانشگاه، تصفيه‌خانه فاضلاب دانشگاه در شهریور ماه سال 1397 آغاز و در اواخر همان سال به بهره‌برداري رسید. ظرفيت اين تصفيه‌خانه روزانه 60 مترمكعب بوده و پساب‌هاي خوابگاه‌هاي دانشجويی وارد تصفيه‌خانه فاضلاب دانشگاه شده و پس از تصفيه از طريق پمپ داخل سيستم به بيرون از آن هدايت مي‌شود.

از آنجائی‌که کارکرد صحیح تصفیه‌خانه نیاز به انجام آزمایش‌های دوره‌ای برای تائید عملکرد میکروارگانیسم‌ها و خروجی پساب تصفیه‌شده داشته، آزمایش‌های مورد نیاز به صورت منظم از آب خروجی تصفیه‌خانه انجام شده است و رسما از تابستان سال 1398 کلیه آب خروجی خوابگاه پسران در این تصفیه‌خانه با کیفیت بسیار بالا تصفیه می‌شود. نتایج آزمایش‌ها نشان می‌دهد تعداد میکروارگانیسم‌های تکثیرشده و فعال در سیستم، کیفیت آب تصفیه‌شده و میزان ذرات معلق و رنگ آب در سطح مطلوبی قرار دارد.

موقعيت فیزیکی اين تصفیه‌خانه به گونه‌اي است كه مي‌توان از طريق آب خروجي آن، درختان و فضاي سبز جنوبي مجموعه خوابگاه‌هاي دانشجويي پسران را آبياري نمود. همچنين جهت توسعه مجموعه تصفيه‌خانه، لوله‌كشي جمع‌آوري پساب سالن غذاخوری نجفی نيز به سمت تصفيه‌خانه مذكور انجام شده و در آينده با اضافه كردن مخازن و تاسيسات مورد نياز، امكان ورود فاضلاب ساختمان مذكور به تصفيه‌خانه وجود خواهد داشت.