دانشكده فیزیك به عنوان اولین دانشکده دانشگاه تحصیلات تکمیلی علوم پایه در راستی هدف اصلی دانشگاه برای پیشرفت دانش در زمینه علوم پایه در بهار ۱۳۷۲ با پذیرش دانشجو در مقطع كارشناسی ارشد کار خود را آغاز کرد. در سال ۱۳۷۵ دوره دکتری فیزیک با پذیرش اولین دانشجویان در شاخه‌های ماده چگال نظری، اخترفیزیک و فیزیک ریاضی راه‌اندازی شد. به فاصله کمی دوره کارشناسی ارشد در شاخه اپتیک تجربی ایجاد شد. در سال ۱۳۷۹ دوره ویژه دکتری پیوسته برای دانش‌آموزانی که رتبه‌های برتر در آزمون سراسری ورودی دانشگاه‌ها داشتند راه‌اندازی شد. دانشجویان پذیرفته شده در این دوره هفت ساله بعد از گذراندن درس‌های کارشناسی و تکمیلی، بدون انجام پروژه کارشناسی ارشد مستقیما شروع به انجام پروژه دکتری خود می‌کنند. دانشکده فیزیک در نظر دارد به زودی دوره دکتری پیوسته از مقطع کارشناسی به دکتری را نیز تاسیس کند. دانشکده محیطی پویا برای آموزش جامع در سطح تحصیلات تکمیلی فیزیک و کشف و پژوهش برای دانشجویان فراهم كرده است كه در بین دانشگاه‌های کشور منحصر به فرد بوده و از جنبه جهت‌گیری کامل علمی-پژوهشی و فارغ بودن از مسایل حاشیه‌ی متداول دانشگاه‌های بزرگ کشور قابل مقایسه با مراکز علمی در کشورهای صنعتی است. اعضای هیات علمی غالبا پژوهشگران جوان فعالی هستند که در کنار اعضای باتجربه دانشکده و با همکاری نزدیک دانشجویان به پژوهش در شاخه‌های نظری و تجربی فیزیک مشغول هستند. دانشکده با دارا بودن نسبت بسیار بالای استاد به دانشجو در بین دانشگاه‌های کشور کم نظیر است.